Les membres élus du conseil d'administration du CRAP-Cahiers pédagogiques sont désignés lors de l'assemblée générale statutaire de l'association qui se tient tous les deux ans. Leur mandat est de quatre ans. Ils prennent les décisions fondamentales concernant l’orientation politique, les finances et le fonctionnement de l’association ; ils élisent les correspondants académiques, les membres du comité de rédaction, le directeur de publication et les rédacteurs en chef des Cahiers pédagogiques.